骨灰寄存在深圳殡仪馆的流程如下：

1. 准备火化证明：家属需要准备逝者的火化证明，这是办理骨灰寄存的前提条件。

2. 联系殡仪馆：家属需要提前联系深圳殡仪馆，了解寄存的具体流程和要求。

3. 确定寄存地点：根据殡仪馆的要求，家属需要选择合适的寄存地点，并联系确定具体位置。

4. 填写寄存申请表格：家属需要在殡仪馆领取寄存申请表格，并填写相关信息，包括逝者姓名、身份证号码、寄存期限等。

5. 提交申请表格和火化证明：家属需要将填写好的申请表格和火化证明提交给殡仪馆工作人员，由他们进行审核和登记。

6. 缴纳寄存费用：根据寄存期限和设施的不同，家属需要缴纳相应的寄存费用。费用标准可以在殡仪馆官网或现场咨询了解。

7. 领取寄存凭证：在完成以上步骤后，家属可以领取骨灰寄存凭证，凭证上会注明逝者姓名、寄存位置、寄存期限等信息。

8. 领取骨灰：在寄存期限内，家属可以凭寄存凭证随时领取骨灰。

需要注意的是，骨灰寄存是一项长期服务，家属需要根据实际情况选择合适的寄存方式和期限，并按时缴纳相关费用。同时，还要注意保护好寄存凭证，以备不时之需。